学校附属医院曲靖市第二人民医院前身为昆明红十字会医院，始建于1928年，1970年由昆明搬迁至曲靖，1997年撤地设市，更名为曲靖市第二人民医院，经云南省卫计委2015年3月20日正式批准为集医疗、数学、科研、预防、保健于一体三级甲等综合医院。

设有机关职能科室20个、临床专业科室28个，医技室10个。肝外科于1991年2月率先在中国开展了腹腔镜囊摘除术”，享有“中国微创外科发源地”美誉。

曲靖市中医医院位于珠江源头，爨文化的发祥地曲靖，是在原曲靖市中医医院的基础上改建的一所综合性中医医院。医院自一九八二年建院以来，在各級政府和有关部门的关心支持下，医院从无到有，由小到大，从弱到强，逐步发展，现已成为人员、房屋、设备、技术配套，科室设置齐全，功能趋于完善，特色优势明显，管理科学规范的全市唯一的一所“三级甲等”中医医院，并成为云南中医学院教学医院和曲靖卫校实习医院，同时又是“曲靖市针灸推中心”、“曲市肛肠病床研究治疗中心”、“曲靖市糖尿病中医床研究治疗中心”。经过二十余年的艰苦创业和不断发展，医院不仅有宽散明亮、环境优雅的门诊和住院大，井配置有CT、彩色B超、500毫安X光机、电子纤维胃镜、血生化自动分析仪等辅助检查与诊疗设备，更拥有一批医德高尚、技术精良、经验丰富的高素质专业技术人オ和管理人才。

学校实验实训教学管理处对实践教学进行一管理，实现资源的优化配置，有效提高实验开出率。学校有教学医院6所，有校外实习基地103个。

学校以培养学生专业技能和职业素养为着力点，深化实践学改革，不断推进实验、见习、实训实习，社会实践和毕业设计(论文)“六模块”实践教学体系建设，重点打造六大实验实训中心，即执业助理全科医师技能实训中心、护理实训中心、医学形态学实训中心、医学技术实训中心、药学实训中心和综合性职业技能培训及鉴定中心。